Pendirian dan organisasi Pusat Mitigasi Bencana dan Perubahan Iklim Universitas Negeri Yogyakarta berdasarkan atas Peraturan Rektor Universitas Negeri Yogyakarta Nomor 15 Tahun 2022 tentang  Organisasi dan Tata Kerja Universitas Negeri Yogyakarta. Pasal 98 Peraturan Rektor Universitas Negeri Yogyakarta Nomor 15 Tahun 2022 tersebut menyatakan bahwa Pusat Mitigasi Bencana dan Perubahan Iklim merupakan salah satu Unsur Pengembang dan Pelaksana Tugas Strategis Universitas Negeri Yogyakarta. 

Selanjutnya, pada Pasal 105 Peraturan Rektor Universitas Negeri Yogyakarta Nomor 15 Tahun 2022 dinyatakan bahwa tugas Pusat Mitigasi Bencana dan Perubahan Iklim adalah mengelola pelaksanaan upaya mengurangi kerusakan dan kerugian ekonomi, termasuk infrastruktur, sebagai serangkaian kegiatan untuk mengurangi risiko bencana, baik lewat pembangunan fisik ataupun penyadaran serta peningkatan kemampuan dalam menghadapi ancaman bencana. Dalam melaksanakan tugas tersebut, Pusat Mitigasi Bencana dan Perubahan Iklim menyelenggarakan fungsi:

1. penyusunan rencana, program, dan anggaran kegiatan Pusat Mitigasi Bencana dan Perubahan Iklim;
2. pelaksanaan kegiatan Pusat Mitigasi Bencana dan Perubahan Iklim dalam pencapaian visi, misi dan tujuan UNY
3. pelaksanaan pengembangan kegiatan layanan Pusat Mitigasi Bencana dan Perubahan Iklim kepada sivitas akademika
4. koordinasi pelaksanaan kegiatan Pusat Mitigasi Bencana dan Perubahan Iklim
5. pemantauan dan evaluasi kegiatan Pusat Mitigasi Bencana dan Perubahan Iklim
6. pelaksanaan urusan administrasi Pusat Mitigasi Bencana dan Perubahan Iklim

Dalam pasal 105 juga disebutkan bahwa dalam menjalankan tugas-tugas tersebut di atas, Pusat Mitigasi Bencana dan Perubahan Iklim secara administrasi berkoordinasi dengan Direktorat Kerja sama, Sistem informasi, Inovasi dan Usaha Universitas Negeri Yogyakarta. Kemudian, pada Pasal 106 disebutkan bahwa Pusat Mitigasi Bencana dan Perubahan Iklim dipimpin oleh seorang Kepala yang ditunjuk oleh Rektor dan bertanggungjawab kepada Rektor, dan dalam melaksanakan tugas dibantu kelompok jabatan fungsional yang ditetapkan oleh Rektor