Program Pusat Mitigasi Bencana dan Perubahan Iklim terdiri atas 4 kelompok, yaitu:

1. Peningkatan kapasitas Sumberdaya Manusia (SDM), yaitu dengan meningkatkan SDM pendukung Program Pusat Mitigasi Bencana dan Perubahan Iklim melalui kegiatan Diklat
2. Peningkatan networking dan kolaborasi, baik di tingkat lokal, nasional, regional maupun internasional dalam bidang riset dan layanan masyarakat yang terkait dengan permasalahan lingkungan, mitigasi bencana dan dampak perubahan iklim global
3. Memberikan layanan solusi bagi permasalahan yang terkait lingkungan, mitigasi bencana dan dampak perubahan iklim di masyarakat 
4. Income generating, yaitu program-progam kegiatan yang bersifat profit untuk mendukung UNY sebagai PTN-BH, seperti layanan jasa Diklat di bidang Lingkungan dan Mitigasi Bencana, layanan konsultasi lingkungan, layanan penyusunan dokumen lingkungan, dan kegiatan yang bersifat profit lainnya